सिन्धु सभ्यता के लोग प्रकृति के विभिन्न रूपों की पूजा करते थे:

स्वास्तिक (Swastika): पाठ में स्पष्ट उल्लेख है कि "स्वास्तिक चिह्न संभवतः हड़प्पा सभ्यता की देन है। इस चिह्न से सूर्योपासना का अनुमान लगाया जाता है।" स्वास्तिक आज भी भारतीय संस्कृति में अत्यंत शुभ माना जाता है।
प्रकृति पूजा: वे वृक्ष-पूजा (पीपल) और शिव-पूजा के साक्ष्य भी प्रदान करते हैं। नाग पूजा के भी संकेत मिलते हैं।
मंदिरों का अभाव: सिन्धु घाटी के नगरों में किसी भी मंदिर के अवशेष नहीं मिले हैं। यह एक अत्यंत महत्वपूर्ण तथ्य है जो इसे बाद की हिंदू संस्कृति से अलग करता है।
पशु पूजा: कुबड़ वाला साँड़ (Humped Bull) उनके लिए विशेष पूजनीय था।

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